- Departemen Teologi
- Departemen Pelkes (Pelayanan dan Kesaksian)
- Departemen Gereja & Masyarakat, Antar Agama & Lingkungan Hidup
- Departemen Pengembangan & Pemberdayaan Sumber Daya Insani, Peningkatan Peran Keluarga
- Departemen Inforkom & Litbang (Informasi, Organisasi, Komunikasi, Penelitian dan Pengembangan)
- Departemen PEG (Pembangunan Ekonomi Gereja)
- Crisis Centre GPIB