GPIB mempunyai sejumlah yayasan untuk melaksanakan pelbagai program pelayanannya, antara lain :
- Yayasan Pendidikan Kristen (Yapendik) GPIB
- Yayasan Diakonia GPIB
- Yayasan Dana Pensiun GPIB
- Unit Kerja Penerbitan GPIB
- Yayasan Hukum Apollos GPIB
- beberapa Yayasan yang dibawahi oleh Mupel maupun Jemaat.